El origen del Misterio de Elche no se ha podido determinar todavía con exactitud por falta de documentación. Sobre su nacimiento existen dos tradiciones locales. Una de ellas vincula la creación de la Festa con la conquista del Elche musulmán por las tropas aragonesas de Jaume I de Aragón, en 1265, es decir al nacimiento de la villa a la civilización cristiana. Otra tradición legendaria intenta dar al nacimiento del Misterio un origen milagroso y lo relaciona con la aparición o "Venida" de la imagen de la Virgen ilicitana el 29 de diciembre de 1370. De esta manera, el consueta de la Festa se habría hallado, junto a la figura mariana que la protagoniza, en el interior de una arca de madera que flotaba sobre las aguas del mar Mediterráneo, en la cercana playa del Tamarit (hoy, de Santa Pola), y que fue encontrado por el soldado guardacostas Francesc Cantó.

Sin embargo, las investigaciones desarrolladas en los últimos tiempos, tanto sobre la obra ilicitana, como sobre el teatro medieval europeo en general, proponen la segunda mitad del siglo XV -etapa en que se detecta un auge en el teatro de temática asuncionista- como la época más probable para datar el Misterio de Elche.

Si realizamos un breve recorrido a través de la documentación histórica de la obra, veremos como en sus comienzos estuvo organizada por algunas familias de la pequeña nobleza local, como los Perpinyà o los Caro. La referencia documental más antigua de la Festa conocida hasta ahora, se halla en el testamento de la ilicitana Isabel Caro, de 1523, en donde legaba algunos fondos para continuar una "grandísima fiesta y solemnidad" que los religiosos de la villa realizaban en la iglesia de Santa María durante la festividad de la Asunción de la Madre de Dios, en honor a una imagen de la Virgen que la testadora poseía en su casa y que, tras su muerte, debía pasar a la ermita de San Sebastián.

Tenemos noticias de la existencia en la villa en 1530 de una Cofradía de Nuestra Señora de la Asunción que, con sede en la citada ermita de San Sebastián, era la encargada de preparar la festividad. Esta cofradía se hallaba presidida por unos clavarios y mayordomos y, además de las aportaciones de los cofrades y de las limosnas recogidas, contaba con ayudas anuales del Consejo municipal.

Sin embargo, el hecho de no poseer suficientes recursos económicos y de que no hubiera personas dispuestas a regir la Cofradía, hizo que el Misterio estuviese en peligro de desaparición en los últimos años del siglo XVI. Fue en 1609 cuando, de manera definitiva, el Consejo de la villa tomó el acuerdo de hacerse cargo de la organización y financiación de la Festa. Para ello estableció una serie de impuestos municipales, entre los que hay que destacar el de la moltura de granos y el de la venta de carnes. En este mismo sentido, hay que señalar la existencia en la ciudad de una administración, denominada de "la arroba del aceite", que recogía una limosna dedicada a la Virgen consistente en una arroba de aceite por cada una de las calderas que la importante industria jabonera cocía en Elche (siglos XVI-XVIII). Las rentas de dicha administración se destinaban, fundamentalmente, al mantenimiento de las tramoyas de la obra y al pago de los salarios de músicos y cantores.

Pero en el primer tercio del siglo XVII el Misterio vió de nuevo peligrar su continuidad. En esta ocasión fue el obispado de Orihuela que, siguiendo las directrices de Trento, intentó prohibir la representación alegando que se realizaba en el interior de una iglesia. El Consejo ilicitano recurrió a la Real Audiencia de Valencia y consiguió que en 1632 el Papa Urbano VIII firmara un rescripto en el que se otorgaba un privilegio por el cual se permitía la representación del Misterio de Elche en el templo de Santa María a perpetuidad.

Éste no sería el único roce existente entre la autoridad civil y la eclesiástica por la organización de la Festa. En los años 1700 -a causa de una cuestión de exención de tasas municipales al clero- y en 1734 -por una pugna sobre el nombramiento de Maestro de Capilla- las fricciones entre ambos estamentos subieron de tono de manera alarmante aunque, finalmente, prevalecieron los derechos del Consejo, fundamentados en las costumbres y tradiciones históricas conservadas en la ciudad.

En los últimos años del siglo XVIII -con la prohibición de la escena de la "Judiada" a causa de los altercados que ocasionaba- y en los primeros del XIX -con la supresión de la capilla musical ilicitana- el Misterio entró en un periodo de clara decadencia artística. Decadencia que se acentuó en el último tercio del ochocientos, tanto por la escasez de recursos económicos dedicados a la obra y la inestabilidad en los cargos municipales -el Maestro de Capilla, por ejemplo-, como, sobre todo, por la escasa importancia que concedían a la representación los propios ilicitanos, incluyendo las autoridades políticas.

Fruto de una campaña de concienciación promovida en la ciudad por el erudito cronista Pere Ibarra y Ruiz, fue la creación en 1924 de la "Junta Protectora de la Festa de Elche" que hizo posible una revisión escénica y musical de la pieza. La partitura fue depurada por el músico alicantino Oscar Esplá quien, entre otras cosas, repuso la escena de la "Judiada". Este período restaurador recuperó parte del antiguo esplendor de la obra y culminó el año 1931 con la concesión al Misterio por parte del Gobierno de la II República del título de Monumento Nacional. La tutela estatal organizó su vinculación a la Junta Nacional de Música y Teatros Líricos -dirigida por el citado Esplá-, mediante un primitivo Patronato local.

Tras la Guerra de España (1936-1939), se organizó en la ciudad la llamada Junta Nacional Restauradora del Misterio de Elche y de sus Templos, que tenía como misión principal la reconstrucción de la iglesia de Santa María -incendiada en febrero de 1936-, así como la puesta en marcha de las representaciones del Misterio suspendidas durante la contienda. Acabadas sus tareas restauradoras, en 1948 esta Junta fue transformada en el Patronato Nacional del Misterio de Elche y, a partir de la aprobación de la Ley del Misteri d’Elx por las Cortes Valencianas en diciembre de 2005, en el actual Patronato del Misteri d’Elx que es el encargado de organizar la obra asuncionista. Su trabajo cuenta con el soporte económico e institucional de diversos organismos como la Generalitat Valenciana, el Ayuntamiento de Elche y la Diputación Provincial de Alicante.