La organización de la Festa o Misterio está a cargo actualmente del Patronato del Misteri d’Elx, creado por la Ley del Misteri, aprobada por las Cortes Valencianas en diciembre de 2005. Los precedentes más inmediatos de este organismo hay que buscarlos en la denominada Junta Protectora de la Festa que, en 1924, fue creada en la ciudad para restaurar la celebración y recuperar parte de su primitivo esplendor. En esta Junta ya se integran, junto a los representantes del Ayuntamiento de Elche, que desde 1609 era el único organizador de la festividad, algunos personajes destacados de la ciudad que colaboran en la citada restauración.

En septiembre de 1931 el Misterio es declarado por el Gobierno de la II República, Monumento Nacional. Bajo la tutela estatal, la celebración pasa a depender de la Junta Nacional de Música y Teatros Líricos que organiza un primitivo Patronato al cual se dirigen las subvenciones aprobadas.

En 1939, con el fin de restaurar el templo de Santa María, escenario del Misterio, así como las representaciones del mismo, se organiza en Elche la llamada Comisión restauradora de la Fiesta de Agosto y de la Iglesia de Santa María, que en 1940 es transformada en la Junta Nacional Restauradora del Misterio de Elche y de sus Templos. Esta Junta tiene dos comisiones, una estatal que aprueba las directrices generales a seguir, y otra, local, que se encarga del trabajo diario.

Concluida una parte de la restauración planteada, el 15 de julio de 1948, mediante un decreto del Ministerio de Educación Nacional, se transforma la Junta Nacional Restauradora en el Patronato Nacional del Misterio de Elche. El mismo también constaba de dos organismos: el Patronato Nacional y la Junta Local Gestora, que dependían en su origen de la Dirección General de Bellas Artes del Ministerio de Educación Nacional.

Con ocasión de las transferencias en materia de cultura a la Generalitat Valenciana, por Real Decreto del 13 de octubre de 1983, el Patronato del Misterio pasó a depender de la Conselleria de Cultura, Educació i Ciencia del gobierno autónomo de la Comunidad de Valencia.

El actual Patronato del Misteri d’Elx también está formado por dos organismos: el Patronato Rector y la Junta Rectora, cuyos miembros son elegidos a partes iguales por el Ayuntamiento de Elche, la Generalitat Valenciana y el Obispado de Orihuela-Alicante.