L'origen del Misteri d'Elx no s'ha pogut determinar encara amb exactitud per falta de documentació. Sobre el seu naixement hi ha una tradició local, que vincula la creació de la Festa amb la conquesta de l'Elx musulmà per les tropes aragoneses de Jaume I d'Aragó, l'any 1265, és a dir al naixement de la vila a la civilització cristiana. I una altra, també local i llegendària, que intenta donar al naixement del Misteri un origen miraculós i el relaciona amb l'aparició o Vinguda de la imatge de la Mare de Déu il·licitana el 29 de desembre del 1370. D'esta manera, la consueta de la Festa hauria aparegut, junt amb la figura mariana que la protagonitza, en l'interior d'una arca de fusta que surava en les aigües del mar Mediterrani, en la platja del Tamarit (hui, de Santa Pola), i que va trobar el soldat guardacostes Francesc Cantó.

No obstant això, les investigacions dutes a terme en els últims temps, tant sobre l'obra il·licitana com sobre el teatre medieval europeu en general, proposen la segona mitat del segle xv -etapa en què es detecta un apogeu en el teatre de temàtica assumpcionista- com l'època més probable per a datar el Misteri d'Elx.

Si fem un recorregut breu a través de la documentació històrica de l'obra, veurem com al començament va estar organitzada per algunes famílies de la noblesa local, com els Perpinyà o els Caro. La referència documental més antiga de la Festa, coneguda fins ara, es troba en el testament de la il·licitana Isabel Caro, del 1523, on llegava alguns fons per a continuar una «grandíssima festa i solemnitat». Este esdeveniment, que els religiosos de la vila festejaven en l'església de Santa Maria durant la festivitat de l'Assumpció de la Mare de Déu, se celebrava en honor a una imatge de la Mare de Déu que la testadora posseïa a sa casa i que, després de la seua mort, havia de passar a l'ermita de Sant Sebastià.

Tenim notícies que l'any 1530 existia a la vila una confraria de la Mare de Déu de l'Assumpció, que, amb seu en l'anomenada ermita de Sant Sebastià, era l'encarregada de preparar la festivitat. Esta confraria estava presidida per uns clavaris i majordoms i, a més de les aportacions dels confrares i de les almoines que arreplegaven, comptava amb ajudes anuals del Consell municipal.

No obstant això, el fet de no posseir recursos econòmics suficients i que no hi haguera persones disposades a regir la confraria va fer que el Misteri estiguera en perill de desaparició els últims anys del segle xvi. Va ser el 1609 quan, de manera definitiva, el Consell de la vila va acordar fer-se càrrec de l'organització i el finançament de la Festa. Per a això, va establir una sèrie d'imposts municipals, entre els quals cal destacar el de la mòlta de grans i el de la venda de carns. En este mateix sentit cal assenyalar l'existència a la ciutat d'una administració, denominada de «l'arrova de l'oli», que recollia una almoina dedicada a la Mare de Déu, consistent en una arrova d'oli per cadascuna de les calderes que la important indústria sabonera coïa a Elx (segles xvi-xviii). Les rendes d'esta administració es destinaven, fonamentalment, al manteniment de les tramoies de l'obra i al pagament dels salaris de músics i cantors.

Però en el primer terç del segle xvii el Misteri va veure novament perillar la seua continuïtat. En esta ocasió va ser el bisbat d'Oriola el que, seguint les directrius de Trent, va intentar prohibir la representació al·legant que es feia dins d'una església. El Consell elxà va recórrer a la Reial Audiència de València i va aconseguir que en 1632 el papa Urbà VIII firmara un rescripte en què s'atorgava un privilegi pel qual es permetia la representació del Misteri d'Elx en el temple de Santa Maria a perpetuïtat.

Este no seria l'únic desacord que hi hagué entre l'autoritat civil i l'eclesiàstica per l'organització de la Festa. Allà per l'any 1700 -a causa d'una qüestió d'exempció de taxes municipals al clero- i pel 1734 -per una pugna sobre el nomenament de mestre del capella- les friccions entre ambdós estaments van pujar de to de manera alarmant, encara que, finalment, prevalgueren els drets del Consell, fonamentats en els costums i les tradicions històriques conservades en la ciutat.

Pels últims anys del segle xviii -amb la prohibició de l'escena de la «Judiada» a causa dels altercats que ocasionava- i els primers del xix -amb la supressió de la capella musical elxana- el Misteri va entrar en un període de clara decadència artística, decadència que es va accentuar en l'últim terç del huit-cents, tant per l'escassetat de recursos econòmics dedicats a l'obra i la inestabilitat en els càrrecs municipals -el mestre de capilla, per exemple- com, sobretot, per l'escassa importància que concedien a la representació els mateixos elxans, incloent-hi les autoritats polítiques.

Fruit d'una campanya de conscienciació promoguda en la ciutat per l'erudit cronista Pere Ibarra i Ruiz va ser la creació, el 1924, de la Junta Protectora de la Festa d'Elx, que féu possible una revisió escènica i musical de la peça. El músic alacantí Oscar Esplá va depurar la partitura i, entre altres coses, restituí l'escena de la «Judiada». Este període restaurador va recuperar part de l'antiga esplendor de l'obra i culminà l'any 1931 amb la concessió del títol de Monument Nacional al Misteri per part del Govern de la II República. La tutela estatal en va organitzar la vinculació a la Junta Nacional de Música i Teatres Lírics -dirigida pel citat Esplá-, per mitjà d'un primitiu patronat local.

Després de la Guerra d'Espanya (1936-1939), es va organitzar en la ciutat l'anomenada Junta Nacional Restauradora del Misteri d'Elx i dels seus temples, que tenia com a missió principal la reconstrucció de l'església de Santa Maria -incendiada al febrer de 1936-, així com la posada en marxa de les representacions del Misteri suspeses durant la contesa. En acabar les tasques restauradores l'any 1948, esta Junta es va transformada en el Patronat Nacional del Misteri d'Elx, i a partir de l'aprovació de la Llei del Misteri d'Elx per les Corts Valencianes al desembre del 2005, en l'actual Patronat del Misteri d'Elx, que és l'encarregat d'organitzar l'obra assumpcionista. El seu treball compta amb el suport econòmic i institucional de diversos organismes, com la Generalitat Valenciana, l'Ajuntament d'Elx i la Diputació Provincial d'Alacant.